В рамках муниципальной программы «Развитие туризма» музей с Агентством городского развития разрабатывают и реализуют бесплатные экскурсионные программы.
Туристические маршруты, призванные показать жителям и гостям первого наукограда России многогранную историю и уникальные достопримечательности города науки и его окрестностей, рассчитаны на разные возрастные группы, включают как пешеходные, так и автобусные туры. Познакомиться с архитектурой старой части города, узнать о людях, связанных с историческими местами, и событиях становления наукограда можно, совершив экскурсию по популярному маршруту «Старый город» (12+). В сентябре такие экскурсии проводятся регулярно, очередное путешествие состоится 18 сентября в 18:00. Сбор групп проходит в сквере имени Стефании Кудрявцевой. Особый интерес вызывает экскурсия «Лес в городе. Город в лесу»(12+), которая представляет 4-километровый маршрут, знакомящий с особенностями зеленых зон Обнинска и его уникальной экосистемой. «Курчатовский тур»(12+), разработанный при к 120-летию Игоря Курчатова, знакомит с научно-исследовательскими институтами первого наукограда, памятными местами, связанными с научным руководителем атомного проекта СССР. Значительное внимание уделяется военно-исторической тематике. Автобусная экскурсия «По местам боевой славы»(12+) включает посещение мемориальных комплексов Обнинска и поездку в город Жуков с посещением музея Маршала Победы и его малой родины – деревни Стрелковки. Отдельные маршруты посвящены событиям Отечественной войны 1812 года - «Обнинск - Боровск»(12+) и «Обнинск - Малоярoславец»(12+), знакомят с историческими местами, связанными с героической борьбой русского народа с французским нашествием. Автобусный тур «Храмы Боровского уезда»(12+) представляет храмовую архитектуру региона, включая единственную сохранившуюся деревянную церковь. Музей также предлагает экскурсии(12+) по историческим усадьбам на территории современного Обнинска - усадьбе Белкино и усадьбе Турлики-Михайловское.Все экскурсии в рамках муниципальной программы проводятся бесплатно, обязательна лишь предварительная запись по телефону в Музее истории города Обнинска.